Atlus bắt đầu thành lập vào ngày 7 tháng 4 năm 1986 với tư cách là nhà phát triển trò chơi về trò chơi máy tính cho các công ty khác.[2] Vào tháng 1 năm 1987, Atlus bắt đầu bán các thiết bị giải trí.[2] Mở rộng sang việc bán thiết bị karaoke vào tháng 3 năm 1989.[2] Atlus đã phát hành trò chơi đầu tiên dưới tên riêng vào năm 1989: Puzzle Boy cho máy Game Boy.[2]

Atlus bắt đầu lấn sân sang ngành công nghiệp trò chơi arcade vào những năm 1990 bằng cách sản xuất trò chơi arcade đầu tiên, BlaZeon, vào năm 1992. Năm 1995, Atlus ra mắt Print Club (purikura) hợp tác với Sega.[3] Đó là một gian hàng nhãn dán ảnh chuyên dụng để in ra các bức ảnh selfie[4][5]. Máy được hình thành bởi nhân viên Atlus, Miho Sasaki vào năm 1994[6]. Atlus và Sega đã giới thiệu purikura vào tháng 2 năm 1995, ban đầu tại các khu trò chơi arcade, trước khi mở rộng sang các địa điểm văn hóa công cộng khác như cửa hàng thức ăn nhanh, ga tàu, quán karaoke và sân chơi bowling[7]. Purikura đã trở thành một hình thức giải trí phổ biến của giới trẻ khắp Đông Á, đặt nền móng cho văn hóa selfie hiện đại[4][5]. Đến năm 1996, nó chiếm 70% doanh thu của công ty.[5]

Atlus gia nhập Sàn giao dịch chứng khoán Tokyo vào năm 1997, niêm yết trên JASDAQ. Với mục tiêu tăng thêm sự hiện diện trong ngành công nghiệp giải trí, Atlus đã mua lại nhà sản xuất Apies từ Yubis Corporation vào năm 1999. Năm 2000, Atlus đã thành lập một liên doanh với Kadokawa Shoten để phân phối và bán các trò chơi. Atlus bị thâm hụt kết quả tài chính trong cả năm 1999 và 2000. Để giải quyết vấn đề này, Atlus đã thiết lập một kế hoạch cải cách quản lý vào năm 2001. Trong nỗ lực tái cấu trúc đó, Atlus đã bán hai công ty con (một trong số đó là Apies) cho các nhân viên của họ như là một phần của thương vụ mua lại cổ phần.[8]

Vào tháng 10 năm 2001, Atlus mua lại Career Soft và trở thành nhà phát hành duy nhất của loạt Growlanser: một trò chơi nhập vai chiến lược thời gian thực từ những người tạo ra loạt Langrisser.[9] Vào năm 2004, sau khi phát hành Growlanser IV, phần lớn nhân viên của Career Soft đã được sáp nhập vào nhóm phát triển chính của Atlus nơi họ làm việc với loạt Shin Megami Tensei: Devil Survivor. Là một thương hiệu phát triển, Career Soft cuối cùng đã bị giải thể.

Vào tháng 10 năm 2003, công ty đồ chơi Nhật Bản Takara mua lại Atlus.[10] Ngày 21 tháng 11 năm 2006, Index Holdings tuyên bố mua lại Atlus, có hiệu lực vào ngày 30 tháng 10 và mua 7,7 triệu cổ phiếu (54,93%; 77.000 phiếu, tương đương 54,96% quyền biểu quyết) vào ngày 20 tháng 11 năm 2006. Atlus trở thành công ty con của Index Holdings vào ngày 29 tháng 11 năm 2006.[11]

Vào tháng 3 năm 2009, Atlus và Sting Entertainment đã công bố một quan hệ đối tác xuất bản chứng nhận Atlus trở thành nhà xuất bản duy nhất của Sting tại Nhật Bản.[12] Vào ngày 17 tháng 9 năm 2009, Index Holdings tuyên bố tách cơ sở giải trí và những gì có liên quan đến kinh doanh của Atlus thành một công ty con, New Entertainment Waves,[13] có hiệu lực vào ngày 1 tháng 12. Một trăm bảy mươi hai cổ phiếu của công ty con cũng đã được chuyển cho Chushoukigyou Leisure [14] vào ngày 1 tháng 12.[15]

Ngày 30 tháng 8 năm 2010, Index Holdings tuyên bố sáp nhập với Atlus, với Index Holdings là công ty tồn tại, có hiệu lực vào ngày 1 tháng Mười.[16][17] Sau khi sáp nhập, Index Holdings sẽ tiếp tục vận hành thương hiệu Atlus.[18] Mặc dù người hâm mộ lo ngại về tương lai của công ty, CEO Shinichi Suzuki nói rằng Atlus sẽ tiếp tục cung cấp "trải nghiệm trò chơi với chất lượng tốt nhất có thể" và việc sáp nhập "tiếp tục củng cố nền tảng của Atlus, cả ở Nhật Bản và tại Mỹ." [19] Ngày 9 tháng 11 năm 2010, Index Holdings tuyên bố đổi tên thành Index Corporation, được xác nhận tại cuộc họp cổ đông vào ngày 25 tháng 11 năm 2010 và có hiệu lực vào ngày 1 tháng 12.[20][21]

Từ năm 2010 đến 2013, Atlus, với tư cách là một công ty, đã không còn tồn tại và tên của nó đã trở thành một thương hiệu của Index Corporation ở Nhật Bản. Tuy nhiên, Atlus USA vẫn hoạt động và được đổi tên thành Index Digital Media, đóng vai trò là công ty con ở Bắc Mỹ cho Index Corporation. Giống như ở Nhật Bản, các trò chơi điện tử tiếp tục được phát hành dưới tên Atlus trong giai đoạn này. Vào tháng 6 năm 2013, có thông tin Index Corporation đã nộp đơn tố tụng dân sự, phá sản với khoản nợ 24,5 tỷ Yên. Phát ngôn viên của Atlus USA cho biết Index Digital Media và thương hiệu Atlus không bị ảnh hưởng bởi quá trình tố tụng.[22]

Ngày 18 tháng 9 năm 2013, có thông tin rằng Sega đã thắng trong đấu thầu mua lại Index với giá 14 tỷ Yên.[23] Tất cả các hoạt động của Index, bao gồm thương hiệu Atlus và Index Digital Media (Atlus USA), được chuyển sang Sega Dream Corporation (công ty con mới mở vào ngày 5 tháng 9 năm 2013) vào ngày 1 tháng 11 năm 2013.[24] Ngày hôm đó, Sega tuyên bố sẽ đổi tên của Sega Dream Corporation thành Index Corporation.[25]

Ngày 18 tháng 2 năm 2014, Sega đã công bố việc tách các mảng kinh doanh về mặt nội dung và giải pháp của Index Corporation thành một công ty con mới, Index Corporation, giữ tên cũ Index Corporation, còn bộ phận kinh doanh trò chơi kỹ thuật số còn lại của nó trở thành Atlus, có hiệu lực từ ngày 1 tháng 4 năm 2014. Atlus mới sẽ bao gồm công ty con ở nước ngoài, Index Digital Media, sẽ hoàn nguyên tên của nó trở lại là Atlus USA khi thành lập Atlus mới.[26]

Tháng 4 năm 2017, Sega Sammy Holdings công bố di dời các cơ quan chức năng trụ sở chính của Sega Sammy Group và các công ty con lớn trong nước ở khu đô thị Tokyo đến Shinagawa-ku vào tháng 1 năm 2018. Lý do là để thúc đẩy hợp tác giữa các công ty và tạo ra sự tương tác tích cực hơn của nhân sự, đồng thời theo đuổi quản lý nhóm hiệu quả bằng cách củng cố các chức năng riêng lẻ của từng nhóm. Atlus là một trong những công ty chịu di dời để đáp ứng điều này.[27] Công ty có ba bộ phận: Creative Division 1st Production (chịu trách nhiệm quản lý loạt Shin Megami Tensei và Etrian Odyssey), Creative Division 2nd Production (còn gọi là P-Studio và chịu trách nhiệm quản lý loạt Persona) và Creative Division 3 Production (cũng được gọi là Studio Zero).[28][29][30]